يبدأ مفعول لقاح الأنفلونزا في العمل خلال مدة تتراوح بين 10 أيام إلى 14 يومًا من وقت تلقي اللقاح.
لذا يتم تناول لقاحات الأنفلونزا في أغلب الدول خلال الفترة الممتدة بين منتصف شهر سبتمبر إلى بداية شهر نوفمبر، وتمتد فترة الحماية التي توفرها اللقاحات ضد فيروس الأنفلونزا لمدة لا تزيد عن 8 أشهر من وقت تلقي اللقاح، ومن المرجح طبيًا أن قصر فترة الحماية التي توفرها اللقاحات ضد فيروس الأنفلونزا ترجع إلى أحد الأسباب التالية:

• التحور المستمر لفيروس الأنفلونزا.
• ضعف مناعة متلقي اللقاح.
• مزيج من السببين السابقين، حيث إن مناعة متلقي اللقاح تضعف بمرور الوقت بالإضافة إلى أن فيروس الأنفلونزا يتحور باستمرا