تحدث التشوهات الجنينية نتيجة لمزيج من العوامل الجينية والبيئية والصحية المتعلقة بالأم والأب.
لذا لا يمكن للأطباء تحديد كافة الأسباب المؤدية لحدوث تشوهات الأجنة بدقة نظرًا لقلة المعلومات المتاحة حول أثر العوامل المختلفة على صحة الجنين، لكن بشكل عام توجد عدة عوامل غالبًا ما يؤدي توافرها إلى إصابة الجنين بالتشوهات، وهي:

تدخبن الأم أثناء الحمل.
قيام الأم بشرب الكحول أثناء الحمل.
تناول الأم لبعض أنواع الأدوية المعروفة بتأثيرها السيء على صحة الجنين مثل دواء الإيزوتريتينوين أثناء الحمل.
معاناة الأم من السمنة أو مرض السكري غير المنضبط أو كلاهما معًا قبل أو أثناء فترة الحمل.
وجود تاريخ عائلي للتشوهات الجنينية في عائلة الأم أو الأب.
وجود صلة قرابة بين الأم والأب.
اجتماع السببين السابقين، حيث يتواجد تاريخ عائلي للتشوهات الجنينية في عائلة كلٍ من الأم والأب مع كوب الأم والأب أقارب.
إصابة الأم ببعض أنواع العدوى والفيروسات أثناء فترة الحمل مثل فيروس زيكا.
معاناة الأم من الحمى أثناء فترة الحمل.
عمر الأم، حيث إنه كلما ازداد عمر الأم ازدادت نسبة إمكانية إنجابها لجنين مشوه.