لا يجب الجمع بين الميلاتونين وهذه الأدوية، لأنها تؤثر بشكل سلبي على الصحة وهي:

أدوية السكري لأن الميلاتونين يؤثر على معدلات السكر في الدم.
علاجات خاصة بالجهاز العصبي المركزي في الجسم، لأنها تكون بمثابة مهدئ إضافي.
أقراص منع الحمل.
علاج الوسواس القهري، لأنها قد ينجم عنها شعور زائد بالنعاس.
الصرع لأنها قد تزيد من حدة النوبات.
الأدوية الخاصة بعلاج ضغط الدم.
مكملات أو أدوية أو أعشاب لحالات تخثر الدم