للزعتر فوائد علاجية سواء الزيت المستخلص منه أو الشاي، مما يجعله نبات مهم في صناعة الأدوية، أبرزها:

علاج السعال الشديد.
خفض ضغط الدم المرتفع.
علاج الإسهال وألام البطن.
التخلص من التهابات الحلق.
التخفيف من حدة آلام المفاصل.