يتم تصنيف الطلائعيات على أساس عاداتهم الغذائية ، والتنقل وأنماط التكاثر ، ويتم تصنيفها من خلال ثلاث انواع وهي كتالي:
الطلائعيات الأولية
الطلائعيات الضوئية أو الطحالب البروتستية
الطلائعيات شبيهة بالفطريات
الطلائعيات الأولية: تندرج هذه الفئة تحت مجموعة الطفيليات التي تتغذى على الكائنات الحية الأخرى الميتة في الغالب للحصول على العناصر الغذائية ، بالإضافة إلي ذلك فهي كائنات أحادية الخلية غيرية التغذية ، يمكن تصنيف الطلائعيات الأولية بشكل أكبر على أساس حركتهم ، مثلاً تسمى الأوليات التي تستخدم الأهداب للتحرك تسمى ciliates وتلك التي تستخدم الأسواط تسمى السوط ، والأميبات هي تلك الأوليات التي تستخدم أعضاء كاذبة للتحرك ولا تستطيع البروتوزوا مثل سبوروزوا التحرك على الإطلاق.
وفي معظم الأحيان تكون الطلائعيات الأولية عبارة عن طفيلية لأنها تجعل الكائنات الميتة مضيفة لها ، ومن المتوقع أن تعيش في مناطق بها إمدادات غذائية دائمة لأنها غير قادرة على جمع الغذاء بأنفسها.
الطلائعيات الضوئية أو الطحالب: هذه الفئة هي أساس السلسلة الغذائية في الطبيعية ، حيث تعتمد معظم الكائنات الحية في النظم البيئية على كائنات حية مثل الطحالب للحصول على الطعام والأكسجين إما بشكل مباشر أو غير مباشر ، وهي تشمل بشكل أساسي دينوفلاجيلات ، نبات الكريسوف ، ويوجلينويدس.
ومن الخصائص التي تميز الطحالب أنها عامل بناء ضوئي رئيسي للكائنات الحية ، مما يجعلها المورد الرئيسي للأكسجين ، وبرغم من أن الطحالب يتم تجميعها تحت فئة الطلائعيات الشبيهة بالنبات ، إلا أنها لا تحتوي على تلك الأجزاء التي تساعد في تحديد ما كان نبات أم لا مثل الجذور والسيقان والأوراق ، بالإضافة إلى ذلك فهم غير قادرين على منع فقدان المياه ، لذلك عليهم أن يسكنوا مناطق بها وفرة من المياه ، أيضاً فإن السمة السائدة التي تصورها على أنها تشبه النبات هي وجود الكلوروفيل.
الطلائعيات شبيهة بالفطريات: هذه الفئة شبيها للكائنات الفطرية وتأتي بألوان مميزة وأشكال كثيرة ، وفي المعتاد تعيش هذه الفئة في أماكن غامضة ورطبة ، وتحصل هذه الكائنات على غذائها من تحلل المواد العضوية المتحللة ، ومن أشهر الأمثلة على هذه الفئة من الطلائعيات هي Fuligo و Dictydium