1. الجهاز العصبي
إن دماغ الطيور أملس للغاية، ويفتقر إلى العديد من التلافيف (النتوءات الموجودة في الدماغ) الموجودة في الثدييات، ويبدو أن البصر هو الحاسة السائدة لدى معظم الطيور، يقع فصان بصريان كبيران بين نصفي الكرة المخية والمخيخ، وهنا تتواصل الأعصاب البصرية وتنشر المعلومات، والقشرة الدماغية عمومًا رقيقة جدًا، ولكن الجسم المخطط متطور جيدًا ويُعتقد أنه موقع الارتباط العقلي عند الطيور.
من السمات المهمة لـ دماغ الطائر الجسم الصنوبري الذي يقع في الدماغ البيني، من الجمجمة إلى المخيخ في خط الوسط ظهريًا، يحتوي الجسم الصنوبري على خلايا إفرازية مشابهة المستقبلات الضوئية وبالتالي يستجيب للضوء.
2. الجهاز العضلي الهيكلي
تمتلك معظم الطيور القدرة على الطيران، تتطلب العظام الكثيفة والمرهقة الثدييات الأرضية الكثير من الجهد لرفعها في الهواء، لذلك قامت الطيور بتكييف هيكلها العظمي، مما أدى إلى تبسيط عدد العظام عن طريق دمج بعضها معًا، وبشكل عام تفتيح الهيكل بأكمله عن طريق إنشاء مساحات هوائية داخل العديد من العظام.
3. الحنجرة
تمتلك الطيور بنية حنجرية منخفضة، وتفتقر إلى لسان المزمار، و الغضروف الدرقي، والطيات الصوتية الموجودة في القطط والكلاب، الهيكل الرئيسي هو المزمار، الذي يحمي مدخل القصبة الهوائية، تقوم العضلات الخارجية بسحب المزمار والقصبة الهوائية إلى الأمام بحيث تتواصل مباشرة مع الشق الأقنواني، مما يسمح للطائر بالتنفس من خلال فتحتي أنفه، يتم إغلاق المزمار أثناء الراحة، ولا يفتح إلا عند الشهيق والزفير.
4. قصبة هوائية
تختلف القصبة الهوائية في أنواع الطيور عن القصبة الهوائية في الثدييات من حيث أن وحلقاتها الغضروفية عبارة عن دوائر كاملة على شكل حلقة الخاتم، تتشابك إحداها فوق الأخرى، بدلاً من حلقات القصبة الهوائية في الثدييات على شكل حرف C. في Psittaciformes والطيور الجارحة النهارية، يكون شكل هذه الحلقات الغضروفية مسطحًا قليلاً في الاتجاه الظهري المركزي، بينما في معظم Passeriformes تكون مستديرة.
5. الرئتين
تتميز رئات أنواع الطيور بـ بنية صلبة ولا تنتفخ أو تنكمش بشكل كبير، وهي مسطحة الشكل ومثبتة بقوة على الجانب البطني للفقرات الصدرية والأضلاع الفقرية، لا يوجد حجاب حاجز في الطيور، ويشار إلى تجويف الجسم المشترك باسم الجوف العام.
يتم دعم القصبات الهوائية المزدوجة بواسطة حلقات غضروفية على شكل حرف C، على عكس القصبة الهوائية، تزود القصبات الهوائية الأولية كلاً من الرئتين، وتنقسم بسرعة إلى القصبات الهوائية الثانوية والثالثية، أو شبه القصبات الهوائية.
6. الحويصلات الهوائية
يتكون الجزء الأخير من الجهاز التنفسي السفلي للطيور من الأكياس الهوائية، هذه عبارة عن أكياس تشبه البالونات تعمل كـ منافخ، حيث تضخ الهواء داخل وخارج رئتي الطيور الجامدة استجابةً لحركات جدار الجسم والقص، جدران الأكياس الهوائية رقيقة جدًا وتتكون من ظهارة حرشفية بسيطة تغطي طبقة من النسيج الضام المرن ضعيف الأوعية الدموية.
يوجد في غالبية الطيور تسعة أكياس هوائية، أحدها هو كيس الهواء المنفصل الذي سبق ذكره، وهو كيس الهواء العنقي الرأسي، الذي لا يتواصل مع الرئتين على الإطلاق، وتتواصل الثمانية الأخرى مع الرئتين عبر القصبات الهوائية الثانوية (باستثناء الأكياس الهوائية البطنية التي تتصل بالقصبة الهوائية الأولية على كل جانب).