تتنفس شوكيات الجلد بعدة طرق وهي بالخياشيم أو بالأقدام الأنبوبية أو عبر أغشية الجسم الرقيقة الملاصقة للماء أو بالشجرة التنفسية.
التنفس هو عبارة عن عملية استنشاق وزفير لغاز الأكسجين وثاني أكسيد الكربون بين خلايا الجسم والبيئة الخارجية وهو عملية كيميائية تساعد على إنتاج الطاقة وفي الغالب تتنفس شوكيات الجلد عن طريق الانتشار البسيط لغاز ثاني أكسيد الكربون والأكسجين داخل وخارج أغشية وخلايا الجسم مستخدمة في ذلك أعضاء الجهاز التنفسي والتي تشمل الأقدام الأنبوبية والخياشيم والشجرة التنفسية وأغشية الجسم الرقيقة الملاصقة للماء، وكل عضو من أعضاء الجهاز التنفسي يعمل بطريقة مختلفة.
ولكن تتشابه جميع شوكيات الجلد في أن لها نظام أوعية دموية مائية يسمح لها بتبادل الغازات من أجل عملية التنفس حيث نجد أن نجم البحر يستخدم الخياشيم وهي عبارة عن نتوءات في الجلد مسؤولة عن إخراج السموم وعملية التنفس والأقدام الأنبوبية حيث أن ما يقرب من 20% من إجمالي تبادل الغازات يحدث من خلال الأقدام الأنبوبية فالأكسجين ينتقل من خلال الأقدام الأنبوبية إلى نظام الأوعية الدموية المائية ويخرج ثاني أكسيد الكربون عن طريق الانتشار البسيط بينما خيار البحر يستخدم الشجرة التنفسية، أما قنفذ البحر فمن خلال الخياشيم والأقدام الأنبوبية