هناك عدة عيوب بين زواج الأقارب تعود بالسلب على الزوجين وعلى العائلتين أيضاً، ومن تلك العيوب:
زيادة حدوث الأخطار الصحية
حيث تزداد فرص الإصابة بالأمراض الوراثية والتشوهات الجينية، في زواج الأقارب وسبب ذلك يرجع إلى الجينات المتقاربة بين الأب والام اللذان هما أقارب في الأساس، وذلك من شأنه أن يلحق بالاجيال والأطفال القادمة الإصابة ببعض الأمراض كالأمراض المزمنة والتشوهات الجنينية.
احتمال الإصابة ببعض التشوهات في الأجنة
كلما ازدادت صلة القرابة بين الوالدين كلما ارتفع احتمال أن يحمل طفلهم نسخة متطابقة من جينات تحمل تلك الأمراض، مثل الإصابة ببعض الأمراض كالأمراض المزمنة والتشوهات الجنينية والخلل الصبغي والثلاسيميا وفقر الدم المنجلي، وغيرها من الأمراض التي تنتقل بالوراثة، ومما سبق نستنتج أن زواج الأقارب يؤدي إلى الإصابة بالأمراض الوراثية.
حيث أثبتت العديد من الدراسات الطبية حول زواج الأقارب على أن معدل الوفاة بعد الولادة والإجهاض لا تختلف إلا بمعدلات قليلة جداً بين الأزواج الأقارب وغير الأقارب، ولكن يفضل الذهاب لعمل فحص قبل الزواج لتلافي التعرض لأخطار الأمراض الوراثية.
التدخلات في الحياة الإجتماعية بين العائلتين مما يخلق العديد من المشكلات التي تؤثر سلبياً على الزوجين والعائلة وتنشأ العديد من الخلافات بينهم