في معظم الأوقات يمكن تصنيف أنواع الديدان المفلطحة على أنها حيوانات مفترسة أو زبال في السلسلة الغذائية، وفي بعض الأوقات تكون حيوانات طفيلية سوف تتغذى من أنسجة مضيفها أو عائلها، وهناك العديد من العمليات الفسيولوجية المميزة لها والتي تحدث عبر أجهزتها المختلفة ومن ضمنها:
الجهاز الهضمي: حيث تمتلك معظم الديدان المفلطحة جهازًا هضميًا بسيط غير مكتمل مع فتحة تسمى الفم وهي نفس الفتحة التي تقوم لطرد فضلات الجهاز الهضمي، كذلك هناك بعض الأنواع التي تحتوي على فتحة شرجية، أما بالنسبة للقناة الهضمية فهي عبارة عن كيس بسيط التركيب، يتم الهضم خارج الخلايا عن طريق إفراز الإنزيمات المبطنة للقناة، كذلك فإن نمط الطفيلي لتلك الديدان يسمح لها بعدم وجود نظام هضمي معقد بسبب البيئة التي يعيشون والتي تسمح لهم بامتصاص العناصر الغذائية مباشرة عبر جدار الجسم.
النظام الإفرازي: تحتوي الديدان المفلطحة على نظام إفرازي مميز يتكون من شبكة من الأنابيب في جميع أنحاء جسم الدودة بحيث تنفتح على البيئة الخارجية، ولديها أهداب من أجل أن يتم توجيه وطرد سوائل النفايات المركزة في الأنابيب خارج الجسم، كذلك من وظائف هذا النظام أنه مسؤول إخراج النفايات النيتروجينية وأيضًا تنظيم الأملاح الذائبة.
الجهاز العصبي: يعتبر من الأنظمة العصبية البدائية حيث إنه يتكون من زوج من الحبال العصبية الممتدة على طول جسم الدودة مع وجود وصلات بينها وبين عقدة كبيرة أو تركيز من الخلايا العصبية الموجود في الطرف الأمامي من الدودة، وتحديدًا في هذا المكان سوف يوجد تركيز من مختلف الخلايا الحسية الضوئية والحسية الكيميائية.