الالتهاب الرئوي: من ضمن امراض فطرية تصيب الانسان ويسمى PCP، يحدث نتيجة لفطر Pneumocystis jirovecii، والذي ينتشر من خلال الهواء من شخص لآخر، يعد PCP نادر الحدوث في الأشخاص الأصحاء، لكن الفطريات المؤدية لهذا المرض يمكن أن تعيش في رئتيهم بدون أن تحدث أي أعراض، الأفراد الذين لديهم ضعف في جهاز المناعة كالمصابين بفيروس نقص المناعة البشرية أو فيروس الإيدز كذلك مرضى السرطان، والذين لديهم أمراض الالتهاب أو أمراض المناعة الذاتية الذين يأخذون بعض الأدوية التي تجعل جهاز المناعة هزيل فهذا يجعلهم أكثر تعرض للإصابة.
الرشاشيات: الرشاشيات تعتبر مرض شائع بسبب نوع من الفطريات الذي يوجد في داخل وخارج الجسم، فالأشخاث يستنشقوا بعض من جراثيم الرشاشيات كل يوم دون أن يشعروا بأعراض، ولكن بعض الأشخاص الذين أصحاب جهاز المناعة الضعيف أو أمراض الرئة لديهم نسبة خطر للإصابة بمشاكل صحية بسبب عن الرشاشيات، هناك أنواع كثير من مرض الرشاشيات وتختلف من مرض خفيف إلى خطير، على سبيل المثال، يمكن أن يؤدي الرشاشيات للألتهاب في الرئتين وهو مرض الرشاشيات القصبي الرئوي الأرجي أو مرض الجيوب الأنفية ويعرف بمرض التهاب الجيوب الأنفية الرشاشيات الأرجي، مرض الرشاشيات الغازي هو عدوى خطيرة غير منتشرة تصيب الرئة أو أجهزة الجسم المختلفة وهو سبب أساسي للوفاة لدى الشخاص الذين يعانون من ضعف المناعة.
المكورات الخفية: تم العثور على الفطريات المستخفية داخل التربة في كل أنحاء العالم وهي ما ترتبط بفضلات الطيور، هناك نوعان أساسيان من الفطريات لهذا المرض هم Cryptococcus neoformans و C. gattii. نادرًا ما تؤدي هذه الفطريات لعدوى في الأفراد ذو صحة سليمة ولكنها يمكن أن تصبح خطيرة جدًا للأفراد الذين يعانون من ضعف عام بجهاز المناعة، مثل مرضى فيروس نقص المناعة البشرية أو الإيدز، تتم العدوى بصورة عامة عندما يتنفس الإنسان بالفطريات، وتعتبر أكثر أعضاء الجسم شيوعًا للإصابة هي الرئتان والجهاز العصبي