السبب في اختفاء الناس في وادي الخيزران الأسود هو اللغز المحير، لكن يعتقد البعض أن الضباب الكثيف الذي يستمر طوال اليوم في الوادي يمكن أن يكون أحد أكثر الأسباب المعقولة لاختفاء البشر والماشية في المنطقة، والضباب الكثيف يمنع الناس من العثور على طريقهم عبر الغابات الكثيفة.
كما أن الوادي يشتهر بجيولوجيته الخطرة أيضا، وفي عام 1962 زار فريق من الجيولوجيين وادي الخيزران الأسود، وعاد واحد منهم فقط، وقال أنه فقد الشعور بالوقت عندما كان يحيط به الضباب، وقال أيضا أنه سمع أصوات مخيفة وغريبة، وكان خائف جدا لدرجة أنه لم يتحرك من مكانه حتى هدأ الضباب .
وقد قال أشخاص آخرون أن الوادي يمكن أن يتسبب في ضياع الوقت وفقد الشعور به، واعتقدوا أن السبب قد يكون بعض الشذوذ المغناطيسي في الوادي، ويعتقد بعض الخبراء أنه ليس من قبيل المصادفة أن يقع مثلث برمودا وأهرامات الجيزة في مصر ووادي الخيزران في الصين على نفس خط العرض المريب هذا.
الذي أطلقوا عليه خط العرض الميت، كما يوجد في عمق وادي الخيزران قمة يبلغ ارتفاعها 3999 متر فوق مستوى سطح البحر، وهي مثلثة الشكل مثل الأهرامات في مصر تماما .
وعلى الرغم من أن العلماء قالوا أن أحد أسباب الاختفاء يمكن أن يكون بسبب الضباب الكثيف، لكن في النهاية لا يزال سبب كل الأحداث الغريبة وغير المبررة في الوادي غير معروفة، وعلى الرغم من أن هناك الكثير من التكهنات بالطبع، لكن لا توجد إجابات علمية دقيقة لهذا، ويلقي بعض الناس باللوم في هذا على قوى خارقة للطبيعة .