تصنف النباتات الوعائية بحسب الأوعية والقصبة الهوائية الموجودة فيها إلى ثلاثة أنواع أهمها كاسيات البذور وعاريات البذور، لذلك توجد فروق شاسعة بينهم:
كاسيات البذور: من أهم أنواع النباتات الوعائية وهي الشعبة الأكثر تنوعًا من حيث النباتات حيث يوجد بها ما يقرب من 260.000 نوع من النباتات الوعائية المعروفة والمزهرة، ومن أهم أنواع النباتات الموجودة في هذه الشعبة النباتات الطفيلية والشجيرات والموائل البحرية وكذلك الأقحوانات المعروفة بأنها نباتات مزهرة.
من أهم الخصائص التي تعرف بها هذه الشعبة وجود البذور مغطاة بالزهرة وكذلك وجود أكياس حبوب اللقاح في الأنسجة التناسلية، كما أن السويداء وهو النسيج المغذي في الزهرة يتكون من خلال الإخصاب المزدوج.
عاريات البذور: تنتشر هذه الشعبة من النباتات في المناطق الشمالية القطبية والمعتدلة، ويتميز هذا النوع من النباتات بأنه طويل وسميك ويعيش لمدة طويلة للغاية مثل الصنوبر والشوكران، ومن المعروف أن أوراق هذه النباتات تعرف بشكلها الذي يشبه الإبرة بالإضافة إلى السيقان الخشبية الطويلة فهي من النباتات الوعائية التي تعرف بوجود الأنسجة الوعائية مثل الأنسجة الخشبية.
سميت بعاريات البذور لأن بذورها عارية لا يحيط بها أي زهرة أو ثمرة ولكن تستبدل الأزهار بالمخاريط وتتمايز المخاريط إلى مخاريط ذكرية وأنثوية من أجل إتمام عملية التكاثر حيث يمكننا تمييز المخاريط الأنثوية عن المخاريط الذكرية، حيث أن المخاريط الأنثوية أكبر من المخاريط الذكرية