أسباب تلوث المياه والتي تؤدي إلى ظهور المشكلات فيما بعد على المستوى البيئي، منها:
المخلفات الصناعية: المخلفات الصناعية هي أحد أخطر الملوثات التي تلقى في مياه البحار والمحيطات بسبب وجود المواد الكيميائية الخطرة دون معالجتها، مما يؤدي إلى تلوث المياه وتقليل مستويات الأكسجين في الماء.
البكتيريا والفيروسات: يطلق على البكتيريا والفيروسات مسببات الأمراض وتعتبر من أخطر الملوثات أيضًا وذلك لأنها تتسبب في العديد من الأمراض الخطيرة، وعادة ما تتسلل هذه البكتيريا إلى المسطحات المائية عن طريق مياه المجاري مما يؤدي إلى تلوث المياه.
مياه الصرف الصحي: هي واحدة من الأسباب الرئيسية التي تؤدي إلى تلوث المياه، ولا تؤثر المياه الملوثة على الكائنات البحرية فقط بل على الإنسان أيضًا عند تناوله لهذه الكائنات البحرية.
النفايات المشعة: النفايات المشعة من المواد ذات التأثير الخطير على الكائنات البحرية وذلك لأنها تسبب العقم والموت، كما أن هناك بعض الأسماك التي تحتفظ بالمواد السامة مثل سمك التونة الذي يتناوله الإنسان.
النفايات العضوية: تصريف المواد العضوية في الماء مثل الطعام والمنظفات والعشب من الملوثات ذات التأثير السيء على المياه والكائنات البحرية، حيث تتسبب هذه النفايات في تقليل مستوى الأكسجين في الدم مما يؤدي إلى موت الكائنات الحية والنباتات