يقوم مختبر المسجد الحرام على التحقق من النتائج والبيانات التحليلية للحفاظ على صحة ضيف الرحمن، وتستخدم في المختبر عدة أنواع من التحاليل وهي تحاليل مايكروبيولوجية، وتحاليل كيميائية، وتحاليل فيزيائية.
ويعمل منسوبو المختبر على تحقيق معايير الجودة والتأكد من سلامة المياه وخلوها من الشوائب والميكروبات ومراقبة العناصر الكيميائية، ومراقبة جودة التمور التي يتم توزيعها في المسجد الحرام، وجودة التعقيم للأسطح.
(مشربيات - نقاط تعبئة - خزانات - محطات تبريد)، ويتم فحصها عن طريق تعقيم مكان أخذ العينات بالكحول قبل أخذ العينة، كما يتم أخذ العينة بطريقة مختصة للحفاظ عليها من التلوثات الخارجية، وأخيراً يتم وضع العينة في الحافظة المخصصة لها حتى وصولها للمختبر.
ويتم التأكد من التاريخ واسم صاحب التصريح، وفحص الوجبات للتأكد من تاريخها وعدم تأثرها بالعوامل الخارجية، وأخذ عينات من جميع سفر الصائمين المتواجدة في المسجد الحرام، ومن ثم وضعها في حافظة مخصصة، وفحص التمور يكون فيزيائيًا حسب (الشكل - اللون - القوام) في المختبر، كما يتم فحصها ميكروبيولوجيا للتأكد من جودتها.
كما يتم أخذ عينات من جميع الأسطح (السجاد والمشربيات والسلالم وغيرها)، ويجري عليها الفحص الميكروبي باستخدام جهاز قياس نسبة التلوث بالمسح الفوري، ويتم أخذ مسحة من الأسطح باستخدام «السواب» المعقم داخل أنبوب، بحيث يُحفظ لنقله للمختبر في حافظه مخصصة لتحليله ميكروبيولوجيا.
ويصل عدد العينات التي يتم فحصها يومياً إلى 50 عينة من المياه، و20 عينة من التمور، ومسحات الأسطح من 5 إلى 10.
* الأجهزة والمواد المستخدمة
في المختبر هي:
- جهاز الاسبكتروفوتوميتر
- جهاز قياس الأملاح
- جهاز قياس ph- جهاز قياس التوصيل الكهربائي في الماء
عضويتي 
«مختبر الحرم» يحافظ على رواده بالنتائج التحليلية
العرض الشجري
