السل : ركز كوخ مجهوداته في دراسة مرض السل ومحاولة استخلاص البكتيريا المسببة وعن طريق بعض التغيير في طرق الصبغة اكتشف كوخ بكتيريا السل العصوية وأثبت وجودها في خلايا حيوانات وأشخاص حاملين للمرض، وبالرغم من مواجهة كوخ صعوبة في زراعة بكتيريا السل لكنه نجح في النهاية في زراعتها عن طريق استخدام سلاسل مختلفة من الوسط الذي يتم الزراعة فيه وفي مارس عام 1882 أعلن كوخ أنه استطاع عزل وزراعة العديد من البكتيريا المسببة للسل بمختلف أشكاله.
الكوليرا : شد انتباه كوخ ظهور مرض الكوليرا بمصر والذي تباعًا قد يصل إلى أوروبا في فترة وجيزة ولذلك بالاتفاق مع الحكومة الألمانية ذهب كوخ الى مصر للتحري عن المرض ومحاولة اكتشافه.، وقد اكتشف كوخ نوع البكتيريا العصوية المسببة للكوليرا ولكن قبل أن يكمل اكتشافاته انتهى الوباء في مصر، ورغم ذلك فقد ساعدهم في التعرف على داء الأميبات الذي يصيب المعدة و يسبب القىء والحرارة ووجع شديد بالمعدة ونزول الوزن وكذلك مختلف أنواع التهاب الملتحمة والذي يصيب العين ويسبب احمرارًا والإحساس بوجود حبيبات صغيرة من الرمل بالعين مما يسبب الحكة، وبعد ذلك شد كوخ الرحال إلى الهند حيث استوطن داء الكوليرا لمواصلة أبحاثه واكتشافاته وبالفعل أكمل مهامه واكتشف نوعين البكتيريا المسببتين للمرض والتي تنتقل عن طريق شرب الماء والطعام والملابس.
نظرية الجراثيم : تحث نظرية الجراثيم على أن كل مرض له نوع محدد مسبب له من الكائنات الدقيقة التي لا ترى بالعين المجردة ولا ترى إلا عن طريق الميكروسكوب الدقيق، فقد تم فرض وتطوير تلك النظرية عن طريق العالم الألماني روبرت كوخ والعالم الفرنسي لويس باستير والعالم الانجليزي جوزيف ليستر، وقد أسهمت مجهودات كل منهم في اكتشاف مسببات العديد من الأمراض، وبالرغم من قدم نظرية الجراثيم إلا أنها عالم واسع من التجارب والاكتشافات العلمية والتي ما زال بها الكثير ليكتشف، ساهمت نظرية الجراثيم في تغيير الكثير في مجال الطب على سبيل المثال : كانوا قديمًا في السبعينات لا يتم ارتداء قناع الوجه والرأس اثناء إجراء العمليات الجراحية وتم تطبيق ذلك فقط في تسعينات القرن الماضي